公司变更应当在 公司注册地的工商部门进行办理。具体流程包括：

提交变更申请：

公司需先向原公司登记机关提交变更申请，包括变更的目的及具体变更内容。

准备申请材料：

根据当地工商行政管理部门的要求，准备相关申请材料，如《公司登记（备案）申请书》、股东会决议、修改后的公司章程等。

审核与登记：

工商部门对提交的材料进行审核，确认无误后，办理变更登记手续。

换发营业执照：

审核通过后，换发新的营业执照，原营业执照作废。

刻制新印章：

到刻章公司刻制新的公章、法人章等。

变更其他相关证件：

携带新的营业执照和印章到开户行申请更换开户许可证和印鉴。

需要注意的是，如果公司变更事项涉及法律、行政法规或者国务院决定规定须经批准的项目，则必须取得相关批准文件或许可证件，并在变更登记时提交。

此外，如果公司变更住所跨公司登记机关辖区，则应当在迁入新住所前向迁入地公司登记机关申请变更登记。

综上所述，公司变更应当在公司注册地的工商部门进行，按照法定程序提交申请并准备相关材料，最终完成变更登记。