村里开超市主要涉及以下几个管理部门：

市场监督管理局：

负责市场管理综合执法，包括超市的经营、食品安全以及质量等方面。

税务局：

需要办理税务登记证，对超市的税务情况进行监督管理。

消防部门：

需要办理消防证，对超市的消防安全进行监督管理。

城管部门：

负责城市综合执法工作，包括超市的门前三包和户外广告牌等。

商务部门：

按照职能职责，超市归属于商务流通部门的范畴，但具体管理可能涉及多个部门协同。

综上所述， 市场监督管理局是主要负责部门，其他部门根据各自职责进行相关管理。建议超市老板在办理相关手续时，先咨询当地市场监督管理局，了解具体流程和要求，以确保顺利开店。