农田保护主要由土地行政主管部门和农业行政主管部门负责。具体来说：

国务院土地行政主管部门和农业行政主管部门依照国务院规定的职责分工，负责全国的基本农田保护管理工作。

县级以上地方人民政府的土地行政主管部门和农业行政主管部门，根据本级人民政府规定的职责分工，负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。

乡（镇）人民政府负责本行政区域内的基本农田保护管理工作。

县级国土资源局、县级农业局和乡（镇）人民政府对农用地负有监管法定职责。

国土资源部门（现自然资源部门）承担土地资源的保护、管理和监督职责，包括耕地的保护。

农业部门参与耕地保护工作，特别是关于农业生产和土壤质量的问题